マイクロケラトームでフラップを作成するときに、起きる合併症は、いくつかあります。フラップが不完全な状態（部分的にしかできあがらない）で作られてしまう。また、フラップが極端に薄くなり、フラップの中央に穴が開いてしまう状態。フラップが不規則になってしまうなど。これらの起こる確率は、極めて低いのですが、重症の場合、手術前より視力が落ちる可能性があります。
コントラストの低下とは、見えている映像の質が 少し低下しているように見える症状です。映像の濃淡の違いが微妙に区別がつきにくくなる場合があります。日常生活おいて問題は、ありません。強度の近視の方がレーシック手術の後に このような症状になる場合があります。
層間角膜炎とは、手術後、比較的に早い段階で、フラップの下に炎症をおこす症状のことです。原因は、不明です。軽度の場合、点眼薬で回復します。重症の場合、再度、フラップをあけて洗浄する必要があります。
レーシック手術の結果、思った以上に視力の回復が望めない状態になる場合があります。手術した裸眼の状態より、手術する前の矯正視力のほうが良い場合があります。原因は、年齢差、個人差などがあげられます。角膜の状態にもよりますが、再手術は、可能です。
不整乱視とは、フラップを戻したとき、わずかな皺やズレが原因で乱視がでる場合があります。対処法は、再度 フラップをあけ、正しくフラップを元に戻す処置になります。
実質内上皮増殖とは、手術後のフラップの下に実質内上皮細胞が入り込み増殖することです。そのため、乱視がでる場合があります。対処法は、再度 フラップを開け増殖した角膜上皮を取り除くことになります。
レーシック手術をしたら老眼になると思い込んでいる方がいますが、それは、間違いです。老眼は、レーシック手術をしようがしまいが誰でも老眼になります。また、レーシック手術を受けて視力が回復しても、年齢とともに老眼は、出るので老眼鏡が必要になります。